Фамилия Салли — редкий для России случай, когда иноязычное имя или прозвище закрепилось в русской среде, не обрастая типичными славянскими суффиксами. В русском языке у неё нет окончания -ов или -ин, что сразу указывает на позднее происхождение или на нерусские корни. Чаще всего фамилия встречается у народов Северного Кавказа, особенно у осетин, и у народов Поволжья. В осетинском языке «салли» — это «ласка», «нежность», то есть ласковое прозвище, которое могло стать фамилией. В тюркских языках, например в татарском или башкирском, «саллы» значит «солидный», «важный», «имеющий вес» — прозвище уважаемого человека, старейшины или зажиточного хозяина.

Вторая версия связывает фамилию с мусульманским именем Салих (праведный, добродетельный). В некоторых диалектах имя могло звучать как Салли, а затем закрепиться в качестве фамилии у потомков. Третья гипотеза — европейская: в английском и скандинавском языках Салли — уменьшительная форма от Сара или женское имя, но в России такая фамилия могла появиться у обрусевших немцев или шведов, либо как прозвище, данное русскими крестьянами иностранцу. Однако массового распространения эта версия не имеет.

Суффиксальная модель в фамилии отсутствует — она стоит в чистой основе без патронимического окончания. Это типично для фамилий неславянского происхождения, которые входили в русский обиход уже в XVIII–XIX веках через межэтнические браки или административный учёт. Носители фамилии Салли в России — это чаще всего потомки горских народов или татар, реже — потомки выходцев из Европы. Сословная принадлежность варьировалась: среди осетин Салли встречались и у знатных фамилий (например, у осетинских дворян, перешедших на русскую службу), и у крестьян. В татарской среде фамилия могла принадлежать купцам или духовенству.

Сегодня фамилия Салли остаётся малочисленной и локальной. Её основное ядро — Осетия и Татарстан, единичные носители живут в Москве и Санкт-Петербурге. Споров о происхождении почти нет: наиболее правдоподобна версия с осетинским «ласка» или тюркским «солидный», поскольку обе лексемы реально существуют в живых языках и дают осмысленное прозвище. Европейская версия остаётся маргинальной — для неё нет ни географической, ни документальной опоры в российских архивах.