Фамилия Салоника — редкий случай в русском ономастиконе, когда географическое название превратилось в фамилию почти без изменений. В основе лежит название греческого города Салоники (современные Фессалоники). В русской традиции XIX века этот город часто называли просто «Салоника» или «Солунь». Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, имел прямое отношение к этому городу: либо родился там, либо долго жил, либо торговал с ним.

Модель образования здесь простая и прозрачная: фамилия не получила типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), а застыла в форме чистого топонима. Такое встречается у фамилий, произошедших от названий городов, особенно если носитель был выходцем из этих мест и его так и прозвали в новой среде — «Салоника», то есть «тот, кто из Салоник». В украинской и белорусской традиции такие фамилии на -а встречаются чаще, чем в великорусской, поэтому можно предположить, что корни фамилии — в юго-западных или малороссийских губерниях Российской империи, где были тесные связи с греческим миром.

Словообразовательный суффикс отсутствует, что делает фамилию архаичной по модели. Это не прозвище по внешности или характеру, а именно «географическое» именование. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) похожие случаи описываются как «фамилии из названий населенных пунктов без оформления». Такие фамилии обычно принадлежали не дворянам, а купцам, мещанам или духовенству — тем, кто по роду деятельности пересекал границы.

Интересная деталь: в старых документах фамилию могли записывать с ударением на второй слог (Салóника) или на третий (Салоникá), и это меняло восприятие. Если ударение падало на последний слог, фамилия звучала как прозвище, образованное от глагола «салонить» (пачкать салом) — но это народная этимология, маловероятная исторически. Основная версия остается греческой.