Фамилия Самаженов — редкая, и её корень сразу бросается в глаза: основа Самажен- выглядит так, будто образована от прозвища или неканонического имени Самажен. В русских говорах и в соседних языках слово «сама» или «сам» часто входит в состав сложных прозвищ, но здесь скорее всего восточное или тюркское влияние.

Первое, что приходит на ум: фамилия могла возникнуть от имени Самажен, которое является фонетическим вариантом имени Самаджин или Самаджан. В тюркских языках «джан» (душа, жизнь) часто присоединяется к именам, а «сама» может восходить к арабскому «сама» (небо) или к тюркскому «сама» (подобный, равный). Получается что-то вроде «небесная душа» или «равный душе». Однако это лишь гипотеза, так как фиксаций такого имени в русских документах почти нет.

Вторая версия, более прозаическая: основа Самажен- могла возникнуть от русского прозвища Самажа, Самаженя. В диалектах слово «самажа» иногда употреблялось в значении «самодельный, кустарный» или «сделанный своими руками». Человек, который всё мастерил сам, без помощи мастеров, мог получить прозвище Самажа. От него через суффикс -ен- (как в фамилиях Кожемякин, Косолапов) и далее -ов появился Самаженов. Суффикс -ен- в таких фамилиях обычно указывает на принадлежность к кому-то: «сын Самажени» или «человек из рода Самажени».

Географически фамилия Самаженов почти не встречается в центральных областях России, единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русских с татарами и башкирами. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. В любом случае, Самаженовы — потомки человека, которого в своей среде знали по необычному прозвищу или имени, и это имя со временем закрепилось за родом.