Фамилия Самажонов — редкая, со сложной и неочевидной этимологией. В ней сразу бросается в глаза нестандартный для русских фамилий суффикс -онов, который обычно встречается в фамилиях, образованных от тюркских или кавказских основ. Стандартная русская модель — это -ов/-ев, а -онов указывает на то, что основа, скорее всего, заимствованная и оканчивалась на согласный звук, который в процессе адаптации потребовал такого наращения (например, от имени Самажон, где конечное «н» перешло в фамильный суффикс).

Разбираем основу. Первая часть «Сама-» может восходить к тюркскому имени Самат (от арабского «вечный», «неизменный») или к имени Саман, которое в ряде тюркских языков означает «солома» или «сено» (сравните с фамилией Саманов). Вторая часть «-жон» — это один из самых распространённых компонентов в узбекских, таджикских и, шире, ирано-тюркских именах. «Жон» (джан) переводится как «душа», «жизнь», «дорогой». В составе сложных имён он выполняет функцию ласкательного суффикса, придавая имени оттенок нежности и близости: Самажон — буквально «Самат-душа» или «дорогой Самат». Таким образом, Самажонов — это отчество от личного имени Самажон.

Вероятнее всего, фамилия имеет среднеазиатские, в первую очередь узбекские или таджикские корни. Образование фамилий по русской модели (с суффиксом -ов) от местных имён было массовым в советский период, особенно при паспортизации в 1920–1930-е годы. Тогда носитель имени Самажон становился Самажоновым. Географически фамилия могла закрепиться не только в Средней Азии, но и в тех регионах России, куда переселялись выходцы оттуда — например, в южных областях или в крупных городах.

Интересная деталь: в русском языке фамилия Самажонов нередко подвергается искажению на письме — её путают с более привычной Самаджанов, Саматов или пишут через «о» после «ж» (Самажонов, что верно, но ухо «просит» мягкого «ж»). В оригинале ударение, скорее всего, падает на последний слог — Самажо́нов, хотя в русской среде его могут смещать на второй слог. Фамилия не имеет отношения к русским словам «сам» или «жена», это чистый пример адаптации восточного антропонима к русской фамильной системе.