Основой фамилии Самилкина послужило церковное имя Самилка. Фамилия Самилкина, вероятнее всего, образована от имени Самилка. Оно является просторечной формой крестильного мужского имени Самуил, которое в переводе с древнееврейского означает «услышанный Богом». Библейский персонаж пророк Самуил широко известен не только своей праведной, богоугодной жизнью, но и своим пророческим даром. Менее вероятно, что фамилия Самилкина восходит к мусульманскому мужскому имени Самил, которое в переводе с арабского означает «слышащий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Самилка, со временем получил фамилию Самилкина.