Фамилия Смилкин — один из тех случаев, когда суффикс -ин указывает на отчество, образованное от прозвища или нецерковного имени, а не от крестильного. Основа здесь — Смилка, уменьшительная форма от Смил. Это древнерусское некалендарное имя, напрямую связанное с прилагательным «смильный» — то есть милый, ласковый, приятный в общении. В древности имя Смил (или Смило) фиксируется в новгородских берестяных грамотах и псковских летописях, так что фамилия уходит корнями в домонгольскую эпоху.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, модель на -ин (Смилкин, а не Смилков) говорит о том, что в основе лежало имя или прозвище, оканчивающееся на -а/-я. Смилка — это ласкательная форма, как, скажем, Милка от Мил или Ванька от Иван. Соответственно, Смилкин буквально означает «чей?» — сын Смилки. Важно не путать с фамилией Смелкин: там корень «смел-» (храбрый), а здесь — «смил-» (кроткий, милый), хотя в диалектах звуки могли смешиваться.

Географически фамилия редкая, но не уникальная. Основные очаги бытования — северо-запад России (бывшие Новгородская, Псковская, Тверская губернии), где имя Смил было особенно употребительно. Встречается также у белорусов и поляков (в форме Смилкевич, Смилковский), что указывает на общеславянский характер корня. В русском ономастиконе фамилия не попала в массовые списки, поэтому её носители — потомки, скорее всего, крестьян или посадских людей из тех регионов, где сохранялась архаичная именная традиция.

Обратите внимание на чередование: в литературном русском языке «смильный» вытеснено словом «милый», но в диалектах и древнерусском «смил» сохраняло значение «жалостливый, добрый». Таким образом, предок носителя фамилии мог получить прозвище за мягкий нрав или, наоборот, иронично — за излишнюю кротость. В любом случае, это не ремесленная и не сословная фамилия, а чисто личная, по имени.