Фамилия Силкин в своей основе почти наверняка имеет прозвище Силка. В русских говорах словом «силка» называли петлю для ловли птиц и мелких зверей. Человек, который промышлял такой охотой, мог получить это прозвище: оно указывало на род занятий, а заодно и на сноровку, потому что поставить силок без должного умения невозможно.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. Силкой могли в шутку или с уважением назвать человека сильного, крепкого, ловкого — от слова «сила». Тогда прозвище звучало бы как уменьшительное, почти ласкательное, что в народной традиции не редкость: так, сильного мужика могли звать Силушка, а Силка — ещё один вариант того же ряда. Впрочем, версия с охотничьей петлёй выглядит правдоподобнее: она опирается на конкретное диалектное слово, а прозвища по ремеслу и способу лова встречались чаще, чем прозвища по физической силе.

Сама фамилия образовалась по стандартной для XV–XVI веков модели: к основе Силка добавили притяжательный суффикс -ин. Такой суффикс указывал на принадлежность: Силкин сын, то есть сын Силки. Поначалу это было отчество, но постепенно, когда фамилии начали закрепляться и передаваться по наследству, форма зафиксировалась как родовое имя. В среде богатых и служилых людей этот процесс шёл активнее, но и среди крестьянства фамилия прижилась в тех же формах.

Однокоренных фамилий у Силкина немного, но они есть: Силков, Силаев, Силуянов. Последние две образованы уже от канонического имени Сила, которое тоже связано со словом «сила», но по происхождению — латинское. А вот Силкин стоит особняком: его корень — именно прозвище, а не имя, и это отличает фамилию от более «книжных» вариантов.

Географию фамилии проследить сложно: она встречается в разных регионах, но чаще — в центральной России и Поволжье, где диалектное слово «силка» было в ходу. Точных статистических данных по распространённости нет, но фамилия не редкая, хотя и не входит в число самых частотных.