Фамилия Самин в русском контексте обычно образована от крестильного имени Самуил или его просторечной формы Сама. В этом случае фамилия Самин — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Самы, то есть Самуила. Имя Самуил древнееврейского происхождения, означает «услышанный Богом». В народной среде имя часто сокращали до Сама, Самойло, откуда и пошли фамилии Самин, Самойлов, Самохин.

Возможна и другая версия, связанная с географическими названиями. На карте России есть несколько рек с названием Сама (приток Волги, приток Днепра), а также село Самино в Вологодской области. В этом случае фамилия могла указывать на выходца с этих мест — человека, жившего на реке Саме или в селе Самине. Такая модель образования менее распространена, но вполне реальна для северных и центральных губерний.

Менее вероятная, но встречающаяся в ономастике гипотеза — связь с тюркским корнем «сам», что значит «равный», «подобный», или с арабским «сам» (высокий, возвышенный). Однако для русской фамилии Самин такое происхождение скорее исключение, возможное в среде крещёных татар или других народов Поволжья.

Фамилия Самин не относится к числу очень частых, но и не является редкой. Встречается преимущественно в центральной России, Поволжье и на северо-западе. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где было распространено отчество на -ин, то есть среди крестьян и мещан, а не дворянства. Дворянские фамилии чаще образовывались с суффиксом -ов/-ев.

Однокоренные фамилии — Самохин, Самойлов, Самуилов, Самарин. Последняя, Самарин, может быть как от имени Сама, так и от названия города Самара, что добавляет путаницы, но для фамилии Самин связь с Самарой маловероятна.