Фамилия Саминин звучит как типичное русское семейное прозвание, но за её простым обликом скрывается сразу несколько возможных источников. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Саминя, от которого с помощью типичного для русских фамилий суффикса -ин и было образовано отчество-прозвание: буквально «сын Самини». Такой тип фамилий был особенно распространён в северных и центральных русских говорах, где имена на -я, -ня были обычным делом.

Сама же форма Саминя — загадка. Скорее всего, это уменьшительная или обиходная форма одного из канонических имён. Наиболее вероятной выглядит связь с именем Самей, которое восходит к древнееврейскому Šamāi — «Яхве (Бог) услышал». Не менее правдоподобно и происхождение от имени Самуил (Šěmū’el — «имя Божье» или «Бог услышал»), где Саминя могло возникнуть как просторечное сокращение. Некоторые исследователи допускают и связь с библейским именем Саломея (от šālōm — «мир»), хотя эта версия требует осторожности: имя Саломея в народной среде чаще давало формы вроде Солоха или Соломонида.

Отдельно стоит упомянуть и восточный след. В мусульманской среде бытует имя Самин, которое с арабского переводится как «дорогой, ценный». Если учесть, что в Поволжье и на Урале русские и татары веками жили бок о бок, не исключено, что в отдельных случаях фамилия Саминин могла возникнуть и от этого имени, особенно если предки носили его в форме Саминя. Но эта версия менее вероятна для исконно русских регионов, где чаще работала первая, библейская линия.

Исторические документы подтверждают, что фамилия бытовала в Сибири. В метрических книгах и похозяйственных записях начала XX века встречаются упоминания о крестьянках Самининых из Омской области. Так, в селе Евсюково проживали Саминина Любовь Емельяновна (1926 года рождения) и Саминина Ольга Лаврентьевна (1896 года рождения). Эти записи показательны: они связывают фамилию с сибирским крестьянским сословием, куда в XIX веке активно переселялись выходцы из центральной России. Таким образом, Саминины — это, скорее всего, потомки крестьян, получивших фамилию по имени или прозвищу родоначальника, и унёсших её за Урал в эпоху массовых переселений.