Фамилия Самынина — женская форма, а её мужской вариант — Самынин. В основе лежит неканоническое имя или прозвище Самыня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Самыни, потомок человека с таким прозвищем. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где отчества на -ин закрепились как фамилии.

Корень «сам» в древнерусском языке имел значение «свой», «собственный», «один». Отсюда — целое гнездо прозвищ: Самой, Самка, Самыга, Самыня. Ономаст Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий относит подобные образования к группе личных имён, возникших из местоимения «сам». Прозвище Самыня могли дать человеку самостоятельному, своевольному или, наоборот, замкнутому, живущему сам по себе. Есть и вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «самын» (туман, сырость), но она не находит серьёзной поддержки в ономастической литературе.

Географически фамилия Самынин встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает её севернорусское происхождение. В этих краях прозвища от «сам» были особенно часты: в писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне Самыга, Самылка, Самыня. Сословно носители фамилии относились к крестьянству и посадским людям — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Ударение в фамилии — на второй слог: Самы́нина. Встречающееся иногда произношение с ударением на первый слог (Са́мынина) считается разговорным, но допустимым. Если искать однокоренные фамилии, стоит обратить внимание на Самыгин, Самылов, Самышев — все они из того же гнезда прозвищ от «сам», и все указывают на самостоятельного, независимого предка.