Фамилия Самынин образована от уменьшительной формы имени Самуил — Самыня. Самуил — это древнееврейское, широко распространенное как в прошлом, так и в нынешнее время, среди иудеев (и не только) имя. В переводе на русский язык оно означает "услышанный Господом". Таким образом, потомок человека, обладающего именем Самыня, со временем получил фамилию Самынин.