Фамилия Саминина — женская форма, а мужская, Саминин, образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от основы на -а/-я через суффикс -ин. Это значит, что в основе лежало имя или прозвище, оканчивающееся на «а»: Самина, Саминя или, что вероятнее, краткая форма от канонического имени.

Корень «Сам-» чаще всего восходит к древнерусскому нецерковному имени Сама, Самина. В старину так могли назвать ребёнка, родившегося «самого по себе» — то есть первенца, единственного или долгожданного. В северных и центральных говорах слово «сам» означало хозяина, главу дома, а «сама» — хозяйку. Отсюда и прозвище Самина: человек самостоятельный, независимый или, напротив, тот, кто «сам себе голова». Второй, менее очевидный вариант — усечение от крестильных имён Самуил или Савватий. В быту Самуила могли звать Самойлой, а от той формы — Самина. Но связь с «самостоятельностью» выглядит правдоподобнее: такие прозвища давали часто и охотно.

Географически фамилия Саминин встречается негусто. Основные очаги — центральные области России и Поволжье, где были сильны традиции прозвищных фамилий. Встречаются Саминины и на Урале, что типично для фамилий, возникших из мирских имён: переселенцы приносили их с собой. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянские роды с таким окончанием (-инин, а не -ин) редки, а Саминин именно с одним «н» в корне, что говорит о народном, не книжном происхождении.

Интересная деталь: фамилия легко путается с Саминин (от Самина) и Семинин (от Семён). В старых переписях, где писали на слух, эти формы могли смешиваться. Но Саминин — самостоятельная единица, и её основа — не уменьшительное от Семён, а отдельное прозвище. Так что предки современного носителя фамилии — люди, которых в округе знали как «Саминых», то есть хозяев или первенцев в роду.