Фамилия Самите — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, это не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычной основы. Первое, что бросается в глаза, — отсутствие типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Окончание -е характерно для фамилий, пришедших из языков Кавказа, а также для некоторых тюркских и балканских форм. В русской среде такие фамилии могли закрепиться без изменений, если предок был носителем другого языка.

Если отталкиваться от корня «самит», напрашивается связь с именем Семит (библейский Сим, сын Ноя). В этом случае фамилия могла указывать на происхождение от семитских народов или на прозвище, данное человеку с характерной внешностью. Однако более правдоподобна версия, что основа восходит к грузинскому или армянскому имени Самит или Самите. В грузинском языке суффикс -е часто встречается в фамилиях (например, Гургулидзе, но есть и формы на -те). Если фамилия осетинская, то окончание -те может быть вариантом множественного числа, указывающего на принадлежность к роду.

Вторая гипотеза — тюркская. В некоторых тюркских языках «сам» или «самый» означает «чистый», «благородный», а суффикс -ит/-те мог дать значение «потомок чистого». Маловероятно, но не исключено, что фамилия образована от прозвища Самит, которое давали человеку, носившему самоедскую (саамскую) одежду или имевшему связи с северными народами. Эта версия слабая, так как слово «самоед» не имеет прямого отношения к корню «самит».

Географически фамилия Самите встречается в основном на Северном Кавказе и в Закавказье, что подтверждает её кавказское происхождение. В русских метрических книгах XIX века она почти не фиксируется, что говорит о позднем появлении в центральной России. Вероятнее всего, предки носителя фамилии были горцами или выходцами из Грузии, и фамилия сохранила исходную форму без русификации.