Фамилия Самковский — относительно редкая и при этом говорящая. Её происхождение почти наверняка связано с географическим названием, что выдаёт суффикс -ский. В русской ономастике этот суффикс чаще всего указывает на дворянские или шляхетские фамилии, образованные от названия родового поместья, либо на фамилии выходцев из Польши, Беларуси и Украины, где топонимические фамилии на -ский были особенно распространены среди мещан и крестьян.

Основа фамилии — «Самков». Это может быть название населённого пункта (деревни, хутора или усадьбы) вроде Самково, Самковка, Самковичи. Такие топонимы, в свою очередь, восходят к личному имени или прозвищу Самко. Самко — это уменьшительная форма от имени Самуил, реже — от Самсон. В белорусском и украинском языках форма Самко была вполне обычной: например, Самко (Самуил) Зибров — реальный исторический персонаж, казацкий полковник XVII века. Таким образом, владелец усадьбы Самково мог быть потомком некоего Самка, а его наследники уже стали Самковскими.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища «Самый» или «Сам», но в таком случае мы бы видели форму Самовский, а не Самковский. Вставной «к» в основе (Сам-к-овский) как раз характерен для народных форм имён (как Димка, Ванька, Самко). Так что связь с именем Самуил остаётся самой надёжной.

Географически фамилия Самковский встречается в основном в западных регионах России, а также в Беларуси и на Украине. В дореволюционных источниках носители фамилии могли быть мещанами или однодворцами — то есть людьми, владевшими землёй, но не имевшими дворянского титула. Встречаются Самковские и среди духовенства, где фамилии на -ский давали семинаристам по названию их родного села.

Если ваш предок носил фамилию Самковский, скорее всего, его род происходил из небольшого местечка, названного в честь человека по имени Самко (Самуил). Фамилия не вымышленная, а укоренённая в конкретном ландшафте — в отличие от многих искусственных семинарских фамилий, она сохранила прямую связь с местом и именем основателя.