Фамилия Самоквитова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не имеет однозначного «ремесленного» или «патронимического» толкования, а восходит к сложному глагольному корню. Это женская форма фамилии Самоквитов, которая образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов от прозвища Самоквит.

Разберём основу. «Квит» в русских говорах и в украинском языке — это «квиток» (расписка, долговая бумага) или «квит» в значении «расчёт, конец». Глагол «квитать» означал «расплачиваться, покрывать долг». Приставка «само-» указывает на действие, совершённое самостоятельно или по отношению к себе. Таким образом, Самоквит — это человек, который сам с собой поквитался, то есть рассчитался по долгам, либо тот, кто «сам себе квит» — сам себе хозяин, независимый человек, не связанный обязательствами. Прозвище могло закрепиться за вольным крестьянином, вышедшим из кабалы, или за человеком с независимым, гордым нравом.

Версия о связи с украинским «квит» (цветок), где «самоквит» означало бы «самоцвет», менее вероятна для фамилии. В говорах слово «квит» в значении «цвет» встречается, но модель сложения «само-» + существительное в прозвищах чаще даёт значение действия, а не предмета (ср. Самосвал, Самодур).

Фамилия Самоквитова географически привязана к южнорусским и украинским территориям, где было распространено слово «квит» и его производные. Это область бывшего влияния малороссийского наречия и запорожских казаков. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, не связанных с массовыми профессиями или популярными именами.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же «само-» прозвищ, как Самойлов, Самосудов, Самоквасов. Отличие Самоквитова в том, что её основа не утратила прозрачности для носителя русского языка, хотя значение слова «квит» уже ушло из активного употребления. В XIX веке носители фамилии могли быть как крестьянами, получившими «вольную», так и мещанами — людьми, формально никому не обязанными.