Фамилия Самойденко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький» или «потомок». Если разобрать эту модель, то суффикс -енко присоединялся к основе, указывая на родство: Самойденко — это буквально «сын Самойды» или «потомок Самойды». В основе лежит личное имя Самойло, украинский вариант канонического имени Самуил (др.-евр. «услышанный Богом»). Форма Самойло с окончанием -о типична для украинской народной традиции, где многие библейские имена адаптировались под местное произношение.

Географически фамилия Самойденко прочно связана с левобережной Украиной, особенно с Полтавской, Черниговской и Сумской областями. В реестрах казацкой старшины XVII-XVIII веков встречаются носители этой фамилии, что указывает на возможное происхождение из казачьей среды. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность отцу (Самойлов), украинский суффикс -енко подчёркивает не столько владение, сколько прямую линию наследования, что было характерно для свободных общин, а не крепостных.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Самойло могло приобретать прозвищный оттенок — так называли человека с громким голосом или упрямым характером, по аналогии с библейским пророком Самуилом, который судил народ и обличал царей. Однако основная масса носителей фамилии получила её от прямого крестильного имени предка. Вариативность написания (Самойленко, Самойлович) встречается реже, но Самойденко — самая компактная форма, где суффикс -енко слился с основой, потеряв промежуточное «л» (Самойл-о + енко > Самойденко, а не Самойленко). Это результат естественного фонетического упрощения в живой речи, что делает фамилию не просто родовой меткой, а свидетельством того, как язык «обкатывал» имя в повседневном общении.