Фамилия Самойдова — женская форма фамилии Самойдов. А Самойдов, в свою очередь, образована от имени или прозвища Самойда. Здесь сразу встречаем редкую модель: суффикс -ов присоединен не к основе «Самойл», как можно было бы ожидать (от канонического имени Самуил), а к слову «самойда». В русских говорах «самойда» — это не только устаревшее название ненцев (самоедов), но и прозвище нелюдимого, диковатого человека, молчуна. В некоторых диалектах так называли человека, который «сам себе на уме», живет обособленно.

Вероятнее всего, фамилия Самойдов — от прозвища, а не от этнонима. На это указывает именно форма «самойда», а не «самоед». Прозвище Самойда мог получить крестьянин или ремесленник, который сторонился людей, не любил шумных сходок, работал в одиночку. В документах XVII–XVIII веков такая модель встречается в северных и сибирских землях, где действительно было больше контактов с ненцами, но прозвище могло закрепиться и в центральных губерниях, как чисто бытовая характеристика.

Мужская фамилия Самойдов — редкая. Её нет в массовых списках русских дворянских родов, и она никогда не была распространена среди духовенства или купечества первой гильдии. Это фамилия крестьянская или мещанская, скорее всего, из Архангельской, Вологодской или Пермской губерний. Женская форма Самойдова встречается чаще — по той простой причине, что носительниц фамилии больше, а сама фамилия стала передаваться по материнской линии в XX веке.

Интересная деталь: в некоторых говорах «самойда» означало не только человека, но и предмет — например, так называли самодельную, грубую вещь. Если прозвище пошло от этого значения, то предок мог быть мастером, делавшим простую, но надежную утварь. Но эта версия менее подтверждена: в ономастических словарях (например, у Б. Унбегана) этническая и диалектная трактовка считается основной для фамилий на -ойда.