Фамилия Самойдов образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Самойдов, то есть сын или потомок Самойда. Но здесь кроется главная особенность: основа «Самойд» — это не имя, а этноним. В русском языке XVI–XIX веков «самоедами» называли самодийские народы Севера — ненцев, энцев, нганасан. Так что фамилия Самойдов — одна из тех, что произошла не от личного имени, а от прозвища по национальности, как Татаринов, Немчинов или Черемисинов.

Прозвище «Самойд» в старину давали либо выходцу из самодийских племён (например, ненцу, перешедшему на русскую службу или осевшему в русских землях), либо русскому, который долго жил на Севере и перенял обычаи местных народов. Не исключён и третий вариант — так могли прозвать человека с грубоватым, «диковатым» нравом, вкладывая в прозвище бытовую оценку, а не прямое указание на происхождение. Слово «самоед» в народном сознании ассоциировалось с суровостью, замкнутостью и нелюдимостью — чертами, которые приписывали северным народам.

Географически фамилия Самойдов тяготеет к северным регионам — Архангельской, Вологодской, Пермской губерниям, а также к Сибири, где контакты с ненцами и энцами были постоянными. В центральных областях России она встречается реже: там этническое прозвище было менее актуально. Стоит отличать Самойдова от фамилии Самойлов: последняя происходит от уменьшительной формы имени Самуил (Самойло), а Самойдов — от этнонима, и это разные корневые гнёзда.

В редких случаях, если носитель фамилии происходит из старообрядческой среды, возможно иное толкование: в некоторых говорах «самоед» означало «отшельник», «человек, живущий сам по себе». Но основная, наиболее обоснованная версия — этническая. Фамилия Самойдов — живое напоминание о многовековом соседстве русских с коренными народами Севера, когда прозвище по народности становилось родовым именем.