Фамилия Самойда звучит необычно, и её происхождение напрямую связано с прозвищем. В основе лежит слово «самойда» — так в старину в русских северных землях называли представителей народов ненцев и энцев. Это не этноним в современном научном смысле, а скорее обиходное, бытовое прозвище, которое давали человеку, имевшему отношение к этим кочевым оленеводческим племенам: либо по роду занятий (охотник, торговец, проводник, живший в тех краях), либо по внешнему сходству или манере одеваться.

Суффикс -а в окончании указывает на то, что фамилия закрепилась в форме, типичной для украинских, белорусских или южнорусских говоров. В северных областях, где само слово было в ходу, фамилия скорее получила бы окончание -ов (Самойдов). Поэтому носитель фамилии Самойда с высокой вероятностью происходит из регионов, куда переселились выходцы с Севера, или же прозвище закрепилось за человеком, который «самоеда» не столько знал, сколько напоминал местным жителям.

Интересно, что в словаре Даля слово «самоедь» приводится не только как название народа, но и как бранное, осуждающее прозвище для угрюмого, диковатого или нелюдимого человека. Вторая версия происхождения фамилии — от такого переносного значения: «самойда» могли прозвать молчуна, бирюка или человека с резким, необщительным нравом. Эта гипотеза не менее правдоподобна, потому что прозвища по характеру давали гораздо чаще, чем по этнической принадлежности.

Фамилия редкая, недворянская, крестьянского или мещанского происхождения. Встречается в основном на юге России, в Белгородской и Воронежской областях, а также на Украине. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков её почти не найти — это говорит о том, что закрепилась она относительно поздно, когда фамилии уже активно давали по прозвищам в среде однодворцев и черносошных крестьян.