Фамилия Самойдин — довольно редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — крестильное имя Самуил, которое в народной русской традиции звучало как Самойло, Самойла. От этой обиходной формы через притяжательное прилагательное «Самойдин» (чей? — сын Самойлы) и возникла фамилия. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, -я: Самойла → Самойлин, а со временем — Самойдин, с закономерным чередованием л/д в некоторых говорах или под влиянием других форм.

Интересно, что фамилия могла закрепиться и от прозвища Самойда. В северных русских говорах «самойда» — насмешливое название самоедов (ненцев), то есть кочевников-оленеводов. Но эта версия менее вероятна: прозвище было бы резко отрицательным, и вряд ли его дали бы как основу для фамилии. Гораздо правдоподобнее, что перед нами патроним — указание на отца по имени Самойло.

Самойдины — не дворянский род, а типичная крестьянская или мещанская фамилия. Она встречается в центральных и северных областях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях, где имя Самойло было в ходу. В документах XVIII–XIX веков можно найти крестьян Самойдиных в Шенкурском и Вельском уездах. В советское время фамилия стала ещё более редкой, частично сменившись на более «благозвучные» варианты вроде Самойлов.

Стоит заметить, что Самойдин и Самойлов — однокоренные, но не тождественные фамилии. Самойлов образован от той же основы, но с суффиксом -ов, и встречается в десятки раз чаще. Самойдин же сохраняет старую, более архаичную модель образования — через -ин, что указывает на глубокую народную традицию и, возможно, на более раннее возникновение.