Фамилия Самсонников — один из тех случаев, когда читатель почти сразу угадывает корень, но ошибается в деталях. На слух она кажется типичной «отцовской» фамилией с суффиксом -ов: Самсонников, то есть «сын Самсонника». Но здесь не всё так прямолинейно.

Основа фамилии — не библейское имя Самсон (хотя оно, безусловно, стоит за всем рядом), а его производная форма Самсонник. В русской ономастике суффикс -ник редко образует прямое отчество. Чаще он указывает на занятие или принадлежность: охотник, плотник, сапожник. Поэтому Самсонник — это, скорее всего, не «маленький Самсон», а человек, который имел отношение к кому-то или чему-то, связанному с именем Самсон. Например, так могли прозвать работника или слугу человека по имени Самсон, либо того, кто жил на его земле.

Самый правдоподобный путь: сначала появилось прозвище или именование Самсонник (по модели «чей человек»), а затем — фамилия Самсонников («чей потомок? — Самсонников»). Двойной суффикс (-ник + -ов) здесь не редкость, он встречается, например, в фамилиях Плотников, Свешников, но в основе там ремесло, а здесь — личное имя. Это и делает Самсонникова чуть более редким вариантом по сравнению с обычным Самсоновым.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где были распространены такие же «двойные» формы от канонических имён — например, Гаврильников, Иванников. Встречается она нечасто, и это как раз тот случай, когда носитель может с высокой вероятностью выводить род из среды крестьян или посадских людей: именно в этих сословиях в XVII–XVIII веках активно образовывали фамилии через прозвища на -ник, а не напрямую от крестильного имени.