Фамилия Самушкова — женская форма фамилии Самушков. Её основа — прозвище или неканоническое имя Самушка, а тот корень ведёт к имени Самуил. В русской народной традиции имя Самуил (древнееврейское «услышанный Богом») сокращали и переделывали на свой лад: Самуха, Самуша, Самушка. Суффикс -к- в таких именах был уменьшительно-ласкательным, но часто закреплялся как постоянное прозвище. Человек, которого в быту звали Самушкой, получал фамилию Самушков — то есть «сын Самушки». Женская форма Самушкова появилась как естественное продолжение: жена или вдова Самушкова.

Модель образования типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ов/-ев особенно распространены. Однако сама основа Самуш- встречается реже, чем производные от Самуила через форму Самойло (отсюда массовые Самойловы). Самушковы и Самушковы — вариант, который мог закрепиться в локальной среде, в одной волости или даже в одном селе. Географически фамилия встречается в Тверской, Псковской и Смоленской областях, а также среди староверов, у которых имя Самуил было в ходу чаще, чем в синодальной церкви.

Стоит упомянуть и другую, менее вероятную версию: Самушков могло быть прозвищем от диалектного глагола «самушить» — в некоторых говорах означало «шалить, проказничать». Тогда фамилия пошла бы не от имени, а от характеристики человека. Но прямых подтверждений этому в ономастических словарях нет, а связь с именем Самуил лежит на поверхности и подкреплена массой аналогий (Петрушка → Петрушков, Микушка → Микушков).

Таким образом, Самушкова — фамилия, которая говорит о предке, носившем имя Самуил в его народной, «домашней» форме. Это не фамилия дворянского сословия — она возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища и уменьшительные имена переходили в фамилии естественным путём.