Фамилия Самышина — женская форма, мужская — Самышин. В её основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Самыш. В русских говорах слово «самыш» могло означать «самец», но в переносном, ироничном смысле — «задира», «драчун» или «упрямый человек». В. И. Даль фиксирует слово «сама» (самка) и производные от «сам» с оттенком самостоятельности, так что прозвище Самыш могли дать человеку независимому, своенравному, «самому себе хозяину».

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Самышин — «сын Самыша» или «человек из семьи Самыша». Это типичная патронимическая фамилия, каких много в центральной и северной России, где -ин столь же распространён, как и -ов.

Любопытная деталь: фамилия Самышин встречается редко, и её можно спутать с Самошин, образованным от имени Самоха (производное от Самуил или Самсон). Но именно форма «Самыш» с твёрдым ы отличает её и указывает на местный говор: в рязанских, тамбовских, владимирских говорах ы на месте и после шипящих — обычное явление. Поэтому предки Самышиных, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми из этих краёв, а прозвище закрепилось за конкретным родом ещё в XVI–XVII веках.

Встречается также вариант написания через «и» — Самишин, но он ещё реже и может быть результатом поздней канцелярской ошибки. В целом фамилия Самышина — это не про имя святого или профессию, а про характер: «сам себе на уме», «свой норов».