Фамилия Саниди — редкий для России случай, когда греческое окончание -иди сохранилось почти без изменений. В греческом языке суффикс -ίδης (-идис) означает «сын», «потомок», и фамилии на -иди, -ади, -аки типичны для понтийских греков, переселявшихся в Российскую империю в XIX — начале XX века. Основа Сани- восходит к греческому имени или прозвищу. Чаще всего её связывают с именем Саввас (Σάββας) — греческой формой библейского имени Савва, означающего «суббота». В понтийском диалекте имя могло звучать как Санис или Сани, отсюда Саниди — «сын Саниса».

Есть и другая версия: основа могла произойти от греческого σανός (санос) — «сухой», «высохший», что могло быть прозвищем для худощавого или пожилого человека. Но в фамилиях на -иди чаще закреплялось именно отчество, а не прозвище, поэтому версия с именем Саввас/Санис выглядит убедительнее. Встречаются варианты написания: Санидис, Санидзе (с грузинским окончанием), но в русской среде укоренилась форма Саниди без конечного -с.

Фамилия почти не встречается за пределами потомков греческих переселенцев. В России она сосредоточена в Краснодарском крае, Ростовской области и Ставрополье — регионах, куда в XIX веке массово выезжали понтийские греки из Османской империи. Встречается и в Греции, но там преобладает форма Санидис.

С точки зрения словообразования фамилия Саниди стоит особняком: она не вписалась ни в русскую модель на -ов/-ев, ни в украинскую на -енко, а сохранила исходный греческий суффикс. Это делает её своеобразным маркером этнической истории — носитель фамилии почти наверняка потомок понтийских греков, сохранивших язык и культуру в иноязычном окружении.