Фамилия Сантоний — редкий пример прямой, почти нетронутой транслитерации латинского слова в русскую фамилию. Её основа — латинское прилагательное «sanctus» (святой). В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются от прозвищ или имён через суффиксы (-ов, -ин, -ский), Сантоний сохранил форму, близкую к исходному латинскому слову «Sanctus» или его производным в романских языках. Фактически это не столько фамилия в привычном «крестьянском» смысле, сколько книжное, семинарское образование.

Скорее всего, Сантоний — это искусственная фамилия, которую давали в духовных училищах и семинариях в XVIII–XIX веках. В России существовала традиция «переводить» фамилии будущих священников на латынь или греческий, чтобы придать им благочестивое звучание. Например, фамилию Святов или Святославов могли латинизировать в Санктусов, а затем, при русификации, — в Сантоний. Подобные фамилии (Ангелов, Аполлосов, Десницкий) были типичны для духовного сословия, которое стремилось отделить себя от крестьянских и дворянских родов.

Версия о происхождении от итальянской фамилии Santonio (от святого Антония) менее вероятна, но не исключена. В этом случае фамилия могла попасть в Россию через иностранных специалистов, купцов или военных, осевших в империи. Однако для русского уха такое окончание (-ий) скорее указывает на прилагательное, чем на итальянскую фамилию на -о. Для сравнения: итальянские фамилии в России обычно адаптировали — Сантони становились Сантоновыми, а Сантоний остался бы редким исключением.

Из-за редкости фамилии говорить о её географии сложно. Носители Сантоний встречаются точечно, чаще в центральной России и на юге, где были сильны семинарские традиции. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её «кабинетное» происхождение: она могла быть дана одному-двум ученикам в конкретной семинарии и не получила широкого распространения.

Таким образом, Сантоний — фамилия-искусственник, созданная для придания статуса и благочестия. Если ваш предок носил её, он почти наверняка был выходцем из духовного сословия: священником, дьяконом или учителем церковно-приходской школы.