Фамилия Сантоянц — редкий для России случай, когда восточно-армянский суффикс -янц вступает в спор с итальянским корнем. Вопреки ожиданиям, перед нами не потомок итальянских купцов, а типичная армянская фамилия, но с географической загадкой.

Основа «Санто» восходит к армянскому имени Сандтухт (Санда, Сандо) или к греческому Сантос, что значит «святой». В армянской ономастике суффикс -янц (западноармянский вариант -ян) указывает на принадлежность к роду: «Сантоянц» — «из рода Санто». Такая форма характерна для армянских фамилий, возникших в Османской империи, а затем принесённых в Россию после геноцида 1915 года. Однако сам корень «Санто» в армянской среде встречается редко — чаще он фиксируется у греков и итальянцев, что порождает альтернативную версию.

Вероятно, фамилия могла возникнуть на стыке культур: армянская община в Крыму или на Кавказе могла заимствовать имя Санто у соседей-греков, а затем оформить его по своей модели. В пользу этого говорит и то, что в армянских фамилиях нередко встречаются греческие и тюркские основы, адаптированные армянским суффиксом. Менее правдоподобна гипотеза о прямом итальянском происхождении: в Италии фамилия Santo распространена, но суффикс -янц однозначно армянский, а не итальянский. Скорее всего, предки носителя фамилии были армянами, жившими в греко-армянской среде, или же фамилия образована от прозвища Санто («святой»), данного человеку с соответствующим характером.

В России фамилия Сантоянц встречается единично, в основном в Краснодарском крае и Москве — там, где селились армяне из Западной Армении. По сословию носители могли быть ремесленниками или торговцами, но точных данных нет. Фамилия не входит в списки дворянских родов, что типично для армянских фамилий с суффиксом -янц, которые чаще принадлежали простым людям.