Фамилия Санцын — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. Разберем её по словообразовательной модели, и станет ясно, что она вписывается в систему русских фамилий, хоть и с необычной основой.

Суффикс -ын (фонетический вариант -ин) указывает на принадлежность: «чей?» — Санцын, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Санца. В русской ономастике суффикс -ин обычно присоединяется к основам, оканчивающимся на -а, -я. Основа здесь — Санц-, а конечное -а, скорее всего, отпало или изначально входило в прозвище (например, Санца).

Теперь о самом прозвище Санца. Наиболее вероятная версия — это производное от имени Александр. В русской народной традиции имя Александр сокращали до Саня, а от него через уменьшительно-ласкательные формы (Санька, Санюха) могло возникнуть и Санца. Такая модель встречается: от имени Григорий — Гриша и Грица, от Иван — Иванец. Соответственно, Санца — это «маленький Саня» или просторечное обращение к Александру. Фамилия Санцын тогда означает «потомок Сани» (Александра).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «санец» (или «санцы»). В некоторых говорах так называли сани или полозья, но фамилия тогда скорее звучала бы как Санцов или Санцев. Форма Санцын с суффиксом -ын заставляет склоняться к личному имени.

Географически фамилия встречается редко, в основном на севере и северо-востоке европейской части России, где суффикс -ин особенно характерен. В словарях и справочниках по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Санцына нет, что подтверждает её редкость. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище по имени отца или деда.

Таким образом, основная версия: Санцын — «сын Санцы», то есть потомок человека по имени Александр в уменьшительной форме. Фамилия сохранила живую народную речь, где полное имя заменялось коротким, почти домашним прозвищем.