Фамилия Саныгин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на родство или зависимость: Саныгин буквально означает «сын Саныги» или «человек из рода Саныги». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Саныга.

Что такое «саныга»? Слово это диалектное, редкое, и его значение не лежит на поверхности. В говорах Русского Севера и Сибири «саныга» могли называть человека с крупным, выступающим носом или вообще с заметной чертой лица. В некоторых местных словарях зафиксировано значение «вялый, медлительный человек» — возможно, от глагола «сануть» (ударить, толкнуть) в переносном смысле. В любом случае, прозвище Саныга давали по внешности или характеру, а не по занятию.

Интересно, что фамилия Саныгин встречается в основном в Вятском крае и в Поволжье — это подтверждается переписями XIX века. Там же бытуют однокоренные фамилии Саныгин, Санышев, Саныч. Возможно, в основе лежит не «саныга», а краткая форма от крестильного имени Александр — Саня, с добавлением экспрессивного суффикса -ыг- (сравните: Саня → Саныга, как Ваня → Ваныга). Такая версия правдоподобнее: прозвища от личных имён с суффиксом -ыг- типичны для севернорусской традиции, а фамилии на -ыгин (Саныгин, Ваныгин, Коныгин) образуют устойчивое гнездо.

Сословной привязки у Саныгиных нет: фамилия встречалась и среди государственных крестьян, и среди мещан, и даже в среде духовенства (например, в Вятской епархии). Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или посадскими людьми, жившими на Вятке или в Заволжье. Написание фамилии устойчивое, без вариантов — через «ы», что подтверждает её северное происхождение (южнорусские говоры дали бы «Санигин»).