Фамилия Санженаков — яркий пример тюркского наследия в русских фамилиях. Её основа восходит к имени Санжена, которое, в свою очередь, происходит от тюркского слова «санжак» (или «санджак»). У этого слова несколько значений: военное знамя, бунчук (символ власти у кочевников), а также административная единица в Османской империи. Прозвище Санжена могли дать человеку, который нёс знамя в войске, был храбрым воином, либо же чиновнику, управлявшему санджаком. В русском языке тюркское «дж» часто переходило в «ж», поэтому форма «Санжена» естественна.

Модель образования проста: к основе Санжена добавился русский патронимический суффикс -ков, указывающий на принадлежность («чей?» — Санженаков). Буква «к» в суффиксе появилась, чтобы избежать неблагозвучного стечения гласных: Санжена + ов дало бы «Санженаов», что для русского уха непривычно. Поэтому вставили «к» — распространённый приём в фамилиях от имён на гласный (сравните: Мина — Минаков, Фома — Фомакин).

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и славянские народы: Поволжье, Урал, Сибирь. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от одного конкретного рода, носившего прозвище Санжена. Сословно предки Санженакова могли быть как казаками (знаменосец в казачьем войске), так и служилыми людьми из татарских или башкирских родов, перешедших на русскую службу. В любом случае, фамилия указывает на военный или административный статус предка, а не на крестьянское ремесло.

Стоит упомянуть, что в некоторых тюркских языках «санжак» означает ещё и «весы» (как символ справедливости), но это значение менее вероятно для прозвища — военная символика в кочевой культуре была куда заметнее. Таким образом, Санженаков — это «сын знаменосца» или «сын человека, носившего санжак».