Фамилия Сапареев образована от прозвища или имени Сапарей, а тот, скорее всего, восходит к тюркскому слову «сапар» — «путешествие», «поход». В языках народов Кавказа и Поволжья это слово вошло в состав личных имён (Сапар, Сапарей) с пожелательным смыслом: удачливый путник, тот, кому сопутствует успех в дороге. Поскольку фамилия зафиксирована в среде кавказских народов и татар, её стоит связывать именно с этой основой, а не с русскими корнями.

Модель образования простая: к основе Сапарей прибавлен типичный русский патронимический суффикс -ев, который в данном случае указывает на принадлежность: «сын Сапарея». При этом в тюркских языках фамилия могла звучать иначе — скажем, Сапаров или Сапариев, — а форма на -еев говорит о том, что носители фамилии оказались в русскоязычной среде, где имя переоформили по стандартам русской грамматики.

Встречается фамилия Сапареев в основном в Дагестане, Чечне, а также среди казанских татар. Это не массовая фамилия, что неудивительно: прозвище Сапарей было не столь распространённым, как, например, Сапар. В дореволюционных документах она могла писаться и через «а» — Сапареев, и через «о» — Сопареев, но современное написание устоялось с буквой «а» в первом слоге.

Сословная принадлежность предков-Сапареевых не прослеживается по фамилии: она могла возникнуть и у крестьян, и у горцев, и у служилых людей, принявших православие. Единственное, что можно сказать с уверенностью: основатель рода Сапареевых получил своё прозвище не на пустом месте — скорее всего, он был известен как человек, много странствовавший или участвовавший в военных походах.