Фамилия Сапареева — женская форма, образованная от мужской Сапареев. В её основе лежит тюркское личное имя Сапар, которое в переводе означает «путник», «странник» или «путешествие». Имя было распространено у многих тюркских народов — казахов, татар, башкир, киргизов, — и нередко его давали мальчикам, родившимся в дороге или в период отъезда отца.

Словообразовательная модель типична для фамилий тюркского происхождения: к основе Сапар добавили суффикс -еев (фонетический вариант -ев после мягкого согласного). Такой суффикс указывает на принадлежность: Сапареев буквально значит «сын Сапара» или «из рода Сапара». В русской канцелярской традиции XIX–XX веков подобные фамилии фиксировались в метриках и переписях, часто с вариациями написания — Сапаров, Сапариев, Сапареев. Форма на -еев, а не на -ов, встречается реже и может указывать на диалектное произношение основы.

Географически фамилия Сапареева тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также Казахстан. Встречается она и у карачаево-балкарцев, где имя Сапар тоже бытовало. В дореволюционной России носители такой фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами — сословная принадлежность у тюркских фамилий не всегда прослеживается, но массовое распространение они получили именно после отмены крепостного права, когда крестьян начали массово записывать с фамилиями.

Если сравнивать с однокоренными, то Сапаров — более распространённый вариант, Сапариев — скорее кавказский (осетинский или чеченский), а Сапареев — промежуточная форма, сохранившая мягкость корня. В любом случае, фамилия прямо отсылает к имени предка-путешественника или человека, которого прозвали Странником, и в этом её простота и ясность: никакой тайны, только дорога.