Фамилия Сапаркин — редкий случай, где суффикс -ин не указывает на принадлежность отцу, а стоит при основе, которая сама по себе не является личным именем. Такое окончание характерно для северных и восточных регионов России, где -ин мог присоединяться к прозвищам и названиям профессий так же часто, как -ов.

Корень «сапарк» ведёт к тюркским языкам, где «сапар» значит «путь», «путешествие» или «поездка». В казахском, башкирском и татарском это слово напрямую связано с понятием странствия. Вероятнее всего, прозвище Сапарка (или Сапарко) дали человеку, который много ходил по торговым или служебным делам — купцу, ямщику, гонцу. Суффикс -к- в основе (Сапарка) мог быть уменьшительным или просторечным, как в фамилиях Тимошкин, Ивашкин, но не от имени, а от прозвища.

Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с арабским «сафар» (медь) или с названием медной монеты. Тогда Сапаркой могли прозвать медника или менялу. Однако географическая привязка фамилии к Поволжью и Приуралью — где сильны тюркские языки — склоняет к первой версии.

Фамилия не дворянская и не старинная боярская. Она бытовала среди крестьян и мещан, особенно в Оренбургской, Самарской и Уфимской губерниях. Встречается она и у русских, и у крещёных татар, и у башкир — граница между этносами здесь размыта, фамилия «работает» как общая для разных народов региона.

По модели образования Сапаркин стоит в одном ряду с фамилиями Сапаров, Сапарбаев, Сапаргалиев, но отличается славянским суффиксом. Это типичный случай, когда тюркское прозвище «обрусело» на русской почве.