Фамилия Сапильникова — женская форма фамилии Сапильников, и её стоит разбирать через мужской вариант. Основа фамилии — прозвище или профессиональное имя Сапильник. Само слово «сапильник» в русских говорах не было общеупотребительным, но его корень «сап-» связан с глаголом «сапать» — копать, рыхлить землю, работать сапкой (тяпкой). В южных и центральных губерниях сапой называли мотыгу, а сапильником — того, кто работает сапой: земледельца, огородника, либо мастера, делавшего такие орудия.

Модель образования типична для русских фамилий: основа на -ник (обозначение лица по занятию) плюс суффикс принадлежности -ов, что буквально означает «сын Сапильника». Суффикс -ник в русском языке активно использовался для названий ремесленников и крестьян по роду деятельности (ср. бондарь — бондарник, плотник, сапожник), так что версия о происхождении от профессии выглядит естественной и правдоподобной.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «сапель» (сопель, дудка, свирель). В этом случае Сапильник — музыкант, играющий на сапели (сопели). Однако в говорах форма «сапильник» в значении «дудочник» не зафиксирована словарями так же широко, как земледельческая. Поэтому рабочая гипотеза — от сапки и земледелия.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, Сапильниковы чаще встречаются в Поволжье и на юге России — в областях, где слово «сапа» было в ходу. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении: вероятно, прозвище дали в одном или нескольких сёлах, а затем оно закрепилось за родом.

По сословной принадлежности — почти наверняка крестьянская или мещанская. Фамилии на -ов/-ин у крестьян массово закреплялись после отмены крепостного права в 1861 году, но основа на -ник указывает на более раннее бытовое прозвище, которое могли записать в метрику уже как фамилию. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.