Фамилия Саякова — женская форма фамилии Саяков, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Саяк. Основа здесь — тюркское слово «сай» (мелкий камень, галечник, пересыхающая река). В тюркских языках «саяк» может означать «каменистое место», «тот, кто живет у пересохшего русла» или «одинокий, бродячий» (от «саяк» — бродяга, одинокий человек в казахском и киргизском). Скорее всего, предок носителя фамилии получил такое прозвище либо по месту жительства (у речки Саяк или на каменистой почве), либо по образу жизни — как человек, не имеющий оседлого хозяйства, странник.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — сын Саяка. После революции, когда фамилии стали обязательными для всех народов СССР, эту форму могли зафиксировать у оседлых тюркских групп (татар, башкир, казахов), перешедших на русское делопроизводство. Интересно, что в самой тюркской среде фамилия могла бы звучать как Саяков, Саякбаев или Саякбай, но русский суффикс -ов «обрусел» её, вписав в общероссийский реестр.

Встречается фамилия в двух основных ареалах: на Южном Урале (среди башкир и татар) и в Сибири (у сибирских татар и казахов). В дореволюционных метрических книгах Оренбургской и Тобольской губерний можно найти записи о Саяковых — крестьянах и казаках, что подтверждает её давнюю бытовую, а не дворянскую природу. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренные фамилии — Саянов, Саяпин, Саяров — все они восходят к той же основе «сай», но с разными суффиксами (‑ан, -ап, -ар), что говорит о многообразии прозвищ в тюрко-русском пограничье. Саякова — одна из самых прозрачных по этимологии: её носительница — потомок человека, которого когда-то назвали «каменистым» или «бродягой», но в современном звучании эта древняя характеристика уже не слышна.