Фамилия Сайбекова — женская форма от мужской фамилии Сайбеков. Её основа, имя Сайбек, почти наверняка тюркского происхождения, скорее всего, казахского или татарского. Такие фамилии характерны для народов, где имя отца или предка становилось родовым прозвищем, а затем закреплялось в документах.

Слово «Сайбек» составное. Первая часть, «сай», в тюркских языках имеет несколько значений: «почтенный», «господин» (ср. казахское «сайлы» — уважаемый), либо «выбирать», «отборный». Вторая часть, «бек», — древний титул, означающий «князь», «господин», «правитель». В составе личных имён «бек» указывало на знатное происхождение или пожелание ребёнку стать лидером. Таким образом, имя Сайбек может переводиться как «избранный бек» или «почтенный господин». Это имя давали мальчикам, подчёркивая их будущий статус.

Фамилия образована по русской модели: к основе «Сайбек» добавили патронимический суффикс «-ов». Так, в XIX–XX веках, при учёте населения в Российской империи, тюркские имена фиксировали на русский лад. Женская форма Сайбекова указывает на то, что носительница — дочь или жена человека с фамилией Сайбеков.

Географически фамилия Сайбекова чаще всего встречается в Казахстане, а также среди татар и башкир в России. Встречается она и в Киргизии. Носители этой фамилии — потомки людей, чьи предки носили имя Сайбек, что говорит о глубоких корнях в тюркской среде, где имена-пожелания были распространены веками.

Особенность фамилии в том, что она не «обрусела» до неузнаваемости, а сохранила прозрачную тюркскую основу. В отличие от многих фамилий на «-ов», образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Сайбекова сразу указывает на нехристианскую, степную культуру предков.