Фамилия Сайфатинова образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с суффиксом -ов/-ев. В её основе лежит мужская форма Сайфатинов, которая, в свою очередь, восходит к личному имени. Женское окончание -а указывает на то, что перед нами фамилия женщины или что она закрепилась в форме женского рода, что типично для русских фамилий на -ов/-ев.

Корень фамилии арабский. Сайфатинов — это русифицированная форма от имени Сайф ад-Дин (араб. سيف الدين — «меч веры»). В татарской и башкирской среде, откуда, скорее всего, происходит фамилия, это имя звучало как Сайфетдин или Сайфутдин. Фамилии на -ов/-ев у тюркских народов Поволжья и Приуралья стали массово появляться после XVI века, когда местная знать и духовенство начали адаптировать свои имена к русской административной системе. Таким образом, Сайфатинова — это патронимическая фамилия, означающая «потомок Сайфати́на» (человека по имени Сайфетдин).

Интересная деталь: буква «а» в середине (Сайф-а-тинов) вместо привычного «е» или «у» (Сайфетдинов, Сайфутдинов) — это особенность местного произношения или записи в метрических книгах. В некоторых диалектах татарского языка редуцированные гласные могли переходить в «а». Поэтому варианты Сайфатинов, Сайфутдинов и Сайфетдинов — это не разные фамилии, а фонетические «родственники» с одним корнем.

Географически фамилия Сайфатинова наиболее характерна для Татарстана, Башкортостана, а также для Оренбургской и Челябинской областей — регионов с давним проживанием татар и башкир. Сословно предки носителей такой фамилии чаще всего относились к государственным крестьянам или к мусульманскому духовенству (муллам, муэдзинам), так как имя Сайф ад-Дин было популярно именно в религиозной среде. Однако без конкретных архивных данных утверждать, что все Сайфатиновы — потомки имамов, нельзя: имя было распространено и среди простых людей.