Фамилия Сайгушкин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — Сайгушк(а) — не встречается в современных словарях личных имён, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Сайгушкин, то есть потомок человека по прозвищу или имени Сайгушка.

Ключ к разгадке — в тюркских корнях. Слово «сайга» (или «сайгак») известно как название степной антилопы, но в тюркских языках «сай» имеет и другие значения: «мелкий камень», «галька», «пересыхающий ручей», а «гуш» или «куш» — «птица». Возможна и основа «сайгыш» — в некоторых тюркских диалектах так называли человека с прищуренными или узкими глазами (от «сай» — колоть, втыкать, в переносном смысле — «колкий взгляд»). Таким образом, Сайгушка — это либо уменьшительно-пренебрежительная форма от прозвища Сайга (быстрый, как антилопа, или живущий у пересыхающей реки), либо от Сайгыш (с характерным разрезом глаз). Маловероятно, что основа — крестильное имя: православные святцы не знают имени, близкого к «Сайгуш».

Суффикс -ушк- в русских фамилиях почти всегда указывает на прозвищное или уменьшительное имя, часто с оттенком фамильярности или шутки. Сайгушкин — типичная «уличная» фамилия, которая закрепилась за крестьянином или посадским человеком, получившим в своей среде меткое прозвище. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — зонам активных тюркско-русских контактов. В документах XVII–XVIII веков в Казанском и Симбирском уездах встречаются «Сайгаковы» и «Сайгушкины» — вероятно, однокоренные варианты.

Сравнение с более частыми фамилиями Сайгаков, Сайкин, Сайфуллин показывает, что Сайгушкин стоит особняком: у него нет типичного татарского суффикса -ов, но есть редкий русский фамильный формант -ин, прикреплённый к явно иноязычной основе. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или чувашом, чьё мирское имя или прозвище русифицировали, добавив «уменьшительную» огласовку. Полной уверенности в точном значении основы нет, но связь с тюркским «сай» (камень, ручей) или «сайга» (антилопа) — наиболее обоснованная рабочая версия.