Фамилия Сайтов — редкий случай, когда корень слова не даёт однозначной подсказки. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа «сайт». В современном русском языке это слово прочно связано с интернетом, но фамилия возникла задолго до появления компьютеров. Значит, искать нужно в других значениях.

Самая вероятная версия отсылает к тюркскому или арабскому имени Сайт (вариант Саид или Саит), что означает «счастливый», «господин», «предводитель». В татарской, башкирской и других тюркских средах имя Саит было распространено, а от него образовались фамилии Саитов, Саитов, Сайтов. Суффикс -ов типичен для русской модели оформления тюркских фамилий, особенно в Поволжье и на Урале. Таким образом, предок мог быть человеком, которого звали Сайт, и его дети стали Сайтовыми.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от прозвища, связанного с диалектным словом «сайта» или «сайт». В некоторых говорах так называли сито, решето или нечто мелкое, сыпучее. Однако эта гипотеза слабее: документальных подтверждений бытования такого прозвища в русских писцовых книгах почти нет. Если бы фамилия была русской по корню, логичнее ожидать форму Сайтов из Сайтово (по названию села), но таких топонимов в центральной России не зафиксировано.

Географически фамилия Сайтов встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — как раз в зоне смешанного русско-тюркского населения. Это косвенно подтверждает первую версию. Встречаются также варианты написания через «и» (Саитов), что указывает на колебания в передаче арабского звука.

С социальной точки зрения, носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, принявшими фамилию по имени отца после отмены крепостного права. В дворянских родословных книгах Сайтовы не значатся. Интересно, что фамилия осталась относительно редкой — даже при массовой паспортизации 1930-х годов её не «исправили» на более привычную Саитов, что говорит о закреплённости именно такой формы в конкретных семьях.