Фамилия Седогина — женская форма, а её мужской вариант, Седогин, образован по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени через притяжательный суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Седогин, то есть сын или потомок Седоги. Основа здесь — «Седог-», и сразу бросается в глаза связь с прилагательным «седой». Но не всё так прямолинейно.

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Седога. В древнерусских говорах слово «седог» могло означать не просто седого человека, а того, кто рано поседел, или же человека с седой прядью, что считалось особой приметой. Однако есть и другая, более редкая версия. В некоторых диалектах «седогой» называли не только по цвету волос, но и по масти скота — например, серую лошадь. Прозвище могло прикрепиться к конюху или пастуху, который работал с такими животными.

Словообразовательная модель «основа прилагательного + -ог(а)» для русского ономастикона нехарактерна, что делает фамилию Седогин интересным исключением. Обычно от «седой» образуют фамилии Седов, Седин, Седунов. Форма на -ога встречается редко и, скорее всего, имеет северное или сибирское происхождение, где подобные усечённые прозвища бытовали чаще. В словаре Б. Унбегауна такая модель не описывается как типовая, что подтверждает её локальный, «штучный» характер.

Поскольку фамилия недворянская и не встречается в старых боярских списках, её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по прозвищу своего предка. Седогины могли жить в глухих деревнях Русского Севера или Приуралья, где и сохранилась эта нестандартная форма. В современных справочниках фамилия встречается редко, что делает её ценной для семейной истории: каждый Седогин — носитель уникального прозвищного имени, не размытого массовым тиражированием.