Фамилия Сеидмурадова образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ов/-ев, который указывает на принадлежность к роду. В основе лежит мужское имя Сеидмурад. Это составное имя восточного происхождения, где первая часть «Сеид» (араб. سيد) означает «господин», «хозяин», а вторая — «Мурад» (араб. مراد) переводится как «желанный», «цель», «стремление». Таким образом, имя Сеидмурад можно истолковать как «господин желания» или «владыка цели».

Фамилия явно указывает на происхождение из регионов, где распространены имена арабского корня: это тюркские народы (туркмены, азербайджанцы, узбеки) и народы Кавказа. Суффикс -ова в окончании говорит о том, что носительница фамилии — женщина, мужской вариант — Сеидмурадов. Такие фамилии обычно давали по имени отца или деда: «чей сын?» — Сеидмурадов, то есть потомок Сеидмурада.

В дореволюционной России подобные фамилии не были массовыми и встречались в среде мусульманского духовенства или зажиточных крестьян, так как имя Сеид (Сейид) традиционно носили потомки пророка Мухаммеда. Однако фамилия не обязательно означает реальное происхождение от пророка: на Востоке титул «сеид» часто присваивался как почётное прозвище, а затем закреплялся в роду.

Стоит отметить, что фамилия не получила широкого распространения за пределами Средней Азии и Закавказья. В русских документах она писалась без изменений, хотя в арабице могла выглядеть как «Саидмурадов» или «Сейидмурадов». Вариант с буквой «е» (Сеид) — скорее всего, результат адаптации к кириллице через тюркские языки, где звук «э» передаётся как «е».