Фамилия Секара — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет корня «секар-» с прозрачным значением (в отличие, скажем, от Секира, где основа указывает на оружие). Это заставляет искать происхождение за пределами восточнославянского ареала.

Скорее всего, фамилия имеет молдавское или румынское происхождение. В румынском языке «secară» означает «рожь». Соответственно, прозвище Секара могли дать человеку, связанному с выращиванием или продажей ржи: крестьянину, мельнику, торговцу зерном. Модель образования проста: румынские фамилии нередко образуются от названий растений без дополнительных суффиксов (ср. Граур — «пшеница», Овэс — «овёс»). При переходе в русскую среду конечное ударение могло сместиться, а написание закрепилось через «а» вместо «э».

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с тюркскими языками. В некоторых тюркских диалектах «секер» или «секар» означает «сахар». В этом случае прозвище могло быть сладкоежкой или торговцем сладостями. Однако географическое распространение фамилии (она встречается в Молдове, на юго-западе Украины и в прилегающих областях России) больше говорит в пользу «ржаной» версии.

Суффикс отсутствует — фамилия представляет собой чистую основу, что характерно для фамилий неславянского происхождения, которые не стали адаптировать через типичные русские суффиксы -ов, -ин, -ский. Это делает Секару «немой» фамилией с точки зрения славянской морфологии: она не говорит, чей ты (чей сын), а напрямую называет тебя по прозвищу.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться двояко: Секара и Секарь. Вариант с мягким знаком на конце встречается реже и может указывать на попытку «ославянить» фамилию, подогнав её под привычную модель существительных мужского рода (типа «писарь», «секарь» — хотя такого слова в русском языке нет). Современное написание через твёрдую «а» — более аутентичное, близкое к исходному румынскому произношению.