Фамилия Селдаев — одна из тех, где за привычным окончанием -ев скрывается неочевидная основа. Если сразу отбросить суффикс -ев (указание на принадлежность «чей?»), остаётся корень «Селда-». В русской ономастике такие фамилии чаще всего отталкиваются от прозвища, профессии или географического названия.

Первое, что приходит на ум, — связь с рыбой сельдью. В старых говорах слово «селда» или «сельда» (с мягким знаком) означало ту же сельдь. Прозвище Селдай или Селда могли дать человеку, который торговал рыбой, ловил её или, в переносном смысле, был худым и вертлявым, как сельдь. Форма Селдаев — это притяжательное прилагательное: «сын Селдая». Подобные фамилии по модели «рыба + суффикс» встречаются в русском языке: Карасев, Окунев, Щукин. Однако в случае с Селдаевым есть тонкость: в «сельди» отчётливо слышится мягкое «л», а в фамилии — твёрдое. Это может указывать на диалектный вариант произношения (в некоторых регионах «сельдь» произносили как «селда») или на то, что основа не рыба.

Вторая версия — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть слово «селда» или «салда», означающее «воин», «ратник» (ср. «салдат» — солдат). Через татарское или башкирское влияние такое прозвище могло закрепиться за человеком военного склада или за тем, кто служил. С учётом того, что фамилии на -ев в Поволжье и на Урале часто имеют тюркские корни, эта версия не менее правдоподобна, чем «рыбная». География фамилии Селдаев — преимущественно центральные и южные регионы России, но без выраженного ареала, что говорит скорее о прозвищном происхождении, чем о едином родовом гнезде.

Не стоит исключать и третью, более редкую возможность: фамилия могла произойти от названия населённого пункта. В России есть несколько мелких хуторов и урочищ с корнем «Селд-» (например, Селдино в Вологодской области), но это скорее исключение, чем правило. Скорее всего, первый носитель фамилии был либо рыбаком, либо служилым человеком, получившим прозвище от окружающих. Без дополнительных генеалогических данных точную версию установить сложно, но обе основные гипотезы — «сельдь» и «воин» — имеют под собой историческую почву.