Фамилия Сельдина принадлежит к числу русских фамилий, образованных от прозвища или названия рыбы. В основе лежит слово «сельдь» — хорошо известная промысловая рыба. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сельдин — это «сын Сельды» или «человек из семьи Сельды». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Прозвище Сельда могли дать по разным причинам. Самая прямая — род занятий: рыбак, торговец сельдью или человек, живший у богатых сельдью водоёмов. Но не исключён и переносный смысл: в говорах «сельдой» иногда называли худого, вертлявого или невзрачного человека — по ассоциации с мелкой и юркой рыбкой. Второй вариант менее вероятен, но встречается в ономастике, когда прозвище давали по внешнему сходству.

Географически фамилия Сельдин (и женская форма Сельдина) чаще встречается в северо-западных регионах: Архангельская, Вологодская области, Карелия. Там промысел сельди был традиционным, и фамилия могла закрепиться за целыми семьями рыбаков. В центральной России она редка, что косвенно подтверждает её «рыбацкое» происхождение.

Стоит отметить, что фамилия могла возникнуть и от имени Сельда — уменьшительной формы от редкого крестильного имени Селевкий или от языческого имени-оберега, где рыба символизировала плодородие. Но это лишь гипотеза: прямых документальных подтверждений такого имени в русских святцах нет.

Сельдины не принадлежали к дворянским родам — это фамилия крестьянская или мещанская. В метрических книгах XIX века она встречается у государственных крестьян и рыболовецких артелей. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что для рядовой русской фамилии совершенно обычно.