Фамилия Сельдюкова — женская форма фамилии Сельдюков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Сельдюк, которое, скорее всего, связано с тюркским словом «сельдюк» (sıldıq) — так в некоторых тюркских языках называли рыбу сельдь или мелкую рыбёшку. Прозвища по названиям рыб встречаются в русской антропонимии нередко (Ершов, Карасев, Щукин), но конкретно «Сельдюк» — случай более редкий и регионально окрашенный.

Вероятнее всего, фамилия возникла на юге России или в Поволжье, где был силён тюркский языковой слой и где ловля сельди имела промысловое значение. Прозвище Сельдюк могли дать либо рыбаку, либо торговцу рыбой, либо человеку, чем-то напоминавшему эту рыбу — например, худощавому или юркому. Вторая, менее вероятная версия связывает основу с тюркским личным именем Сельдюк, образованным от корня со значением «редкий, избранный», но в русской среде такое имя почти не фиксируется, поэтому рыбная версия предпочтительнее.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на типичную русскую модель образования отчества или фамилии: «чей?» — сын Сельдюка. В XVI–XVII веках такие фамилии закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, особенно в южных уездах Московского государства. Фамилия недворянская, не имеет отношения к княжеским или боярским родам — она бытовая, «прозвищная», что типично для основной массы русского населения.

В написании возможна вариация «Сельдюков»/«Сельдюкова» без изменения корня. Встречается она преимущественно в регионах Нижнего Поволжья и на Урале, что подтверждает связь с рыбным промыслом: в этих местах исторически ловили и солили сельдь. Другие однокоренные русские фамилии — Сельдев, Сельдин — образованы от того же корня, но с разными суффиксами, а «Сельдюков» выделяется именно тюркским звучанием основы.