Фамилия Селегейна — редкий пример образования через суффикс -ин от женской основы. В русской ономастике такие фамилии обычно указывают на принадлежность женщине: чья? — Селегейна, то есть дочь или жена человека по прозвищу Селегей. Мужской вариант, скорее всего, звучал как Селегей или Селегейный, но распространения он не получил.

Корень фамилии тёмный и неочевидный. Можно предположить связь с диалектным словом «селега» — так в некоторых говорах называли небольшую речную рыбу, вроде плотвы или уклейки. Тогда прозвище Селегей мог получить либо рыбак, либо человек с худощавым телосложением, которого сравнивали с мелкой рыбёшкой. Другая версия отсылает к тюркским языкам: «селе» (или «селеу») — степной ковыль, а «гей» — распространённый в тюркских именах компонент со значением «сила» или «счастье». В этом случае фамилия могла возникнуть в зоне контакта русских и тюркских народов, например, в Поволжье или на Урале.

Суффикс -ин в фамилии Селегейна — не патронимический (от имени отца), а матронимический, что встречается значительно реже. Такие фамилии давали детям, если мать играла в семье ведущую роль (например, была вдовой) или если прозвище матери было более узнаваемым. Географически фамилия почти не встречается в центральных областях России; единичные носители зафиксированы в Сибири, что может указывать на позднее переселение.

Из-за редкости фамилии её точное происхождение остаётся гипотетическим. Самое правдоподобное объяснение — прозвище Селегей от рыбацкого или бытового слова, закрепившееся за семьёй через женскую линию.