Фамилия Селегин образована от прозвища или нецерковного имени Селега — так и застыла в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Селегин, то есть сын или потомок Селеги. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а, -я, что здесь и видим. Основа Селег- скорее всего восходит к диалектному или устаревшему слову «селега» — так в некоторых говорах называли сельдь или мелкую рыбу вроде кильки, а иногда и просто нечто мелкое, невзрачное. В этом случае прозвище Селега мог получить либо рыбак, либо человек невысокого роста или худощавого телосложения.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «селить» или существительным «село» — через форму *Селига, где гласный изменился под влиянием аканья или народной этимологии. Однако прямое сопоставление с «село» дало бы скорее фамилию Селигин или Сельгин, а форма Селегин устойчиво указывает на корень с -е-, что подтверждает версию с рыбой. В ономастических справочниках фамилия не числится среди частых, её нет в массовых списках боярских или дворянских родов — значит, перед нами типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая в северных или центральных губерниях России, где был развит рыбный промысел.

Географически фамилия встречается разрозненно: отдельные носители зафиксированы в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что косвенно подтверждает связь с рыболовством (бассейн Северной Двины, Кама, Вятка). Суффиксальная модель -ин в сочетании с прозвищем на -а — одна из древнейших в русской антропонимии, поэтому фамилия могла возникнуть ещё в XV–XVI веках, но письменных свидетельств того времени не сохранилось. В целом, Селегин — редкая, но прозрачная по происхождению фамилия, указывающая на занятие или внешность предка.