Фамилия Селёкин в основе своей имеет прозвище Селёка или Селёка — так в русских говорах могли называть любителя селёдки, торговца рыбой или просто человека, чем-то напоминавшего эту рыбу (например, худобой или узким разрезом глаз). Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Селёкин — «сын Селёки». В этом смысле фамилия стоит в одном ряду с Щукиным, Карасёвым или Ершовым, но с той разницей, что основа «селёдка» в прозвищах встречается реже, чем названия пресноводных рыб.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Селёкин), так и на первый (Селекин), и это не просто вариант произношения. В некоторых регионах, особенно на севере и в Сибири, существовало слово «селека» — так называли не только сельдь, но и мелкую рыбёшку вообще, а также, по данным диалектных словарей, — непоседливого, вертлявого человека. Если фамилия происходит от этого значения, то предок мог быть не рыбаком, а человеком с живым, беспокойным характером.

Есть и менее вероятная версия, связывающая фамилию с личным именем Селиван (Сильван) через промежуточную форму Селя — но для такого перехода нет убедительных доказательств, и большинство ономастов склоняются к «рыбьему» корню. Встречаются однокоренные фамилии Селекин и Селеков, причём первая географически чаще фиксируется в центральных областях России, а вторая — в южных.

Фамилия не относится к числу древних боярских или дворянских, что неудивительно: прозвища, связанные с едой и торговлей, обычно получали люди из крестьянской или посадской среды. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Селёкины встречаются преимущественно среди государственных крестьян и мещан, особенно в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях.