Фамилия Селегиненко звучит необычно, но её происхождение укладывается в чёткую словообразовательную модель. Разберём её по частям.

Основа фамилии — «Селег-», вероятнее всего, связана с прозвищем или именем Селега. Это имя могло быть производным от крестильного имени Селевкий (греческое «сияющий»), либо от древнерусского нецерковного имени Селег, которое давали по внешности или повадкам. В русских говорах слово «селег» (или «селезень») означало самца утки. Прозвище Селега могли дать человеку с характерной походкой, напоминающей переваливающуюся утиную, либо тому, кто разводил уток или жил у водоёма. Встречается и версия, что «селег» — это диалектное название остролистого сорняка, но для прозвища она менее вероятна.

Суффикс -енко — типичный для украинских фамилий. В XVII–XVIII веках этот суффикс активно вытеснял более древние формы на -ович/-евич, особенно среди казачества и мещан. Он указывает на «маленького» или «сына»: Селегиненко — буквально «сын Селеги». Двойной суффикс -ин-енко встречается реже, чем просто -енко, и говорит о том, что прозвище Селега уже было закреплено в роду, а потом к нему добавили патронимический суффикс. Такая форма могла возникнуть на стыке русской и украинской традиций: сначала отца звали Селегин (с русским суффиксом -ин), а его дети уже стали Селегиненко.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, особенно к Слобожанщине (современные Харьковская, Сумская области) и к бывшей Полтавской губернии. Именно там часто встречались фамилии с двойным суффиксом, образованные от прозвищ с конечным -а.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Селегов, Селегин, Селезнёв — то Селегиненко стоит особняком: она указывает не на прямую связь с уткой (как Селезнёв), а на конкретного предка по имени Селега. В ревизских сказках XVIII века такие фамилии часто записывали как «Селегин сын Селегиненко», постепенно превращая двойное указание в единую фамилию.

Таким образом, носитель фамилии Селегиненко может с высокой вероятностью считать, что его предок был либо выходцем из казацкой или крестьянской среды на юге России/Украины, либо человеком, получившим прозвище Селега за сходство с уткой-селезнем. Точных сведений о дворянстве или знатном происхождении нет — фамилия осталась в простонародной среде.