Фамилия Селегененко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко в ту эпоху означал «сын» или «потомок», то есть Селегененко — это буквально «сын Селегена». Такая форма указывает, что основатель рода носил прозвище или имя Селеген.

Сама основа «Селеген» — производная от «селезень». В украинском языке «селезень» означает самца утки. Прозвище Селезень или Селеген в народе давали либо человеку с характерной походкой вразвалку, либо тому, кто разводил уток и торговал ими, либо, в переносном смысле, — бойкому, задиристому мужчине. В русских говорах слово «селезень» могло иметь и ироничное значение — «ловелас», «ухажёр», что тоже могло стать источником прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает точнее понять географию. На Украине и юге России распространены фамилии Селезнёв, Селезень, Селезенко, Селезневский. Селегененко — более редкий вариант, возникший, вероятно, в результате диалектного произношения: «селезень» через аканье или местные говоры могло перейти в «селеген». Фамилия локализована в основном в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье.

Сословно фамилия не указывает на дворянство: -енко — типичный крестьянский и казачий формант. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVIII века «Селегененко» мог означать казака или мещанина, чей отец носил это прозвище. Как и у большинства украинских фамилий на -енко, ударение в ней падает на предпоследний слог: Селеге́ненко.