Фамилия Селегенина — женская форма, а её основа, мужская фамилия Селегенин, образована по редкой, но показательной модели. В ней соединились два элемента: корень «Селег-» и суффикс «-енин», который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно такой суффикс указывает на принадлежность к чему-то или происхождение от чего-то, как в фамилиях Литвин (литвин — житель Литвы) или Дворянинов (от «дворянин»). В случае с Селегениным суффикс, вероятно, добавлял значение «сын Селеги» или «человек из рода Селеги».

Корень «Селег-» почти наверняка восходит к прозвищу или некалендарному имени Селега. В русских говорах слово «селег» или «селезень» означало самца утки, а также могло быть переносным прозвищем для человека — например, за походку, манеру держаться или за любовь к воде. Не исключено, что прозвище давали охотнику на уток или человеку с характерной внешностью, напоминающей селезня. В ономастике известен ряд фамилий от названий птиц (Соколов, Гусев, Уткин), но форма с суффиксом «-енин» выделяет Селегенина из этого ряда, указывая на более конкретную, возможно, локальную традицию именования.

Географически фамилия Селегенин встречается в основном в центральных и северных регионах России, где были распространены говоры, использовавшие слово «селег». Встречается и вариант написания через «я» — Селягенин, что может быть связано с диалектным произношением. Поскольку фамилия не относится к числу массовых, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень, где прозвище Селега закрепилось за конкретным родом.

Социальный контекст: фамилии на «-енин» чаще всего принадлежали крестьянам или посадским людям, а не дворянам. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии могли фиксироваться как отчества с суффиксом «-ин» (Селегин сын), но со временем форма на «-енин» закрепилась как самостоятельная. Таким образом, предок Селегенин — это человек, получивший прозвище Селега, вероятно, за сходство с уткой-селезнем, а его потомки стали писаться как Селегенины.